Izolat białka serwatkowego zawiera większy procent czystego białka od WPC (ok. 90 – 95%). Z koncentratu białka serwatkowego wytwarzany jest izolat białka serwatkowego (WPI). W tym celu koncentrat białka poddawany jest kolejnemu procesowi filtracji. Podczas niego ponownie usuwane zostają tłuszcze i cukier (laktoza). Izolat jest polecana osobom trenującym intensywnie.

Różnica między koncentratem, a izolatem białka serwatkowego polega na mniejszej ilości tłuszczu i cukru (cukier mleczny, laktoza) w izolacie serwatki.