Superkompensacja zachodzi nie tylko pomiędzy pojedynczymi treningami, ale wykorzystuje się ją w całym cyklu treningowym. Opracowując plan treningowy, warto jest wziąć pod uwagę fakt, że sama superkompensacja w sporcie dzieli się na trzy etapy. Pierwszy to intensyfikacja, wraz ze wzrostem intensywności treningów odczuwamy przyrost mocy i wydajności. Faza ta trwa do momentu, w którym zauważymy u siebie pierwsze objawy zmęczenia treningami i zatrzymanie się na pewnym etapie wydajności,

którego mimo nieustających wysiłków nie możemy pokonać. Drugi to akumulacja, w tej fazie tylko jeszcze bardziej odczuwamy zmęczenie i brak postępów. Należy dopilnować, aby etap ten nie był zbyt długotrwały, częste treningi doprowadzą do zmęczenia organizmu i zdecydowanie nie są wskazane. Trzeci to transformacja, czyli wypoczynek. Kiedy pozwalamy sobie zrezygnować z treningów bądź przeprowadzać je ze zdecydowanie mniejszą intensywnością, nasza forma zwyżkuje. Pod koniec etapu transformacji osiągniemy wyższy poziom wydajności niż na początku pierwszego etapu, możemy więc osiągnąć lepsze rezultaty treningowe. W cyklach treningowych, na samym początku, faza intensyfikacji trwa około 14 dni, natomiast etapy akumulacji i transformacji po 7 dni. Później można je dostosować do reakcji własnego organizmu.